Spółka Krakowski Park Technologiczny Sp. z o.o. została początkowo powołana dla celów zarządzania specjalną strefą ekonomiczną. W 1997 roku Gmina Kraków, Uniwersytet Jagielloński, Politechnika Krakowska, Akademia Górniczo-Hutnicza, Huta im. Tadeusza Sendzimira oraz Skarb Państwa utworzyli spółkę pod nazwą Centrum Zaawansowanych Technologii - Kraków Sp. z o.o. W 2000 roku do grona udziałowców dołączyło Województwo Małopolskie. W styczniu 2004 r. zmieniono nazwę Spółki na Krakowski Park Technologiczny Sp. z o.o. (KPT).
W pierwszych latach głównym celem działania Spółki było zarządzanie terenami objętymi statusem specjalnej strefy ekonomicznej. Stosunkowo szybko okazało się, że uwarunkowania towarzyszące realizacji koncepcji funkcjonowania krakowskiej specjalnej strefy ekonomicznej zmusiły ówczesny zarząd Spółki do poszukiwania nowych kierunków jej rozwoju. Podstawowym powodem, który ograniczał rozwój strefy i zdeterminował jej działalność w pierwszych latach, było odstąpienie założycieli, a następnie udziałowców KPT od wniesienia aportem do spółki terenów, na których ustanowiono specjalną strefę ekonomiczną. Fakt ten spowodował liczne trudności w sferze finansowej i merytorycznej działalności Spółki oraz w efekcie zahamował jej rozwój. Niedysponująca majątkiem Spółka o kapitale założycielskim na poziomie 175 tys. zł oraz bez możliwości wpływania na jakość terenów inwestycyjnych - miała małe możliwości skutecznego wypełniania swojej podstawowej misji.
W związku z powyższym, w 2003 roku przygotowano nowy plan strategiczny dla Spółki na kolejnych 5 lat, który obok podstawowego celu, jakim był rozwój specjalnej strefy ekonomicznej, wyznaczył nowy kierunek działania: rozwój funkcji parku technologicznego w kontekście wejścia Polski do Unii Europejskiej oraz uzyskania dostępu do funduszy unijnych.
